La guida
Il pilota di un Evangelion, prende posto in una capsula cilindrica denominata Entry-plug, che viene inserita nella zona della colonna vertebrale dell' Eva, all' altezza della cervice.
L' abitacolo viene interamente riempito con un liquido: l' L.C.L. Link Connect Liquid in grado di favorire la connessione nervosa tra pilota e l' unità. In pratica, i sistemi nervosi vengono connessi a partire dal nervo A10, (responsabile del movimento umano); per aumentare la sincronia si usano delle speciali tute Plug Suit e dei speciali diademi d' interfaccia.
Quando la connessione è instaurata, il pilota può comandare l' Eva a piacimento, come se agisse con il suo stesso corpo. Si può usare anche Induction mode, ciò due leve poste all' altezza delle mani del pilota che servono ad ottimizzare gli impulsi.

La sincronia tra pilota ed Eva viene espressa con un valore percentuale detto Tasso di Sincronia, visualizzato in particolari curve (curve armoniche).Con un più elevato tasso di sincronia maggiore è la manovrabilità, ma esso dipende anche dalle condizioni emotive e psicologiche del pilota, così, ad esempio, se il pilota è turbato la sincronia risulterà minore.
Altra caratteristica del sistema di guida neurale, sono le sensazioni provate dall' Eva: se in uno scontro un Angelo spezza il braccio all' Eva, il pilota sentirà lo stesso dolore! E lo stesso vale per qualunque ferita, in parole povere, vengono "messe in comune le sensazioni".

Le gabbie
Quando non sono attive, le unità Evangelion, vengono alloggiate in gigantesche strutture denominate gabbie e tenute in posizione da una struttura di ancoraggio, composta da molti blocchi smuovibili. Le gabbie sono riempite con un liquido rosso (liquido di conservazione).
In questo caso si può dire che l' unità sia in Stand-by; l' Entry-plug non è inserita e al suo posto c'à una capsula di stazionamento (dalla strana forma di una croce) che blocca ulteriormente le funzioni dell' Eva. Gli Eva risiedono sotto il Geo-front e vengono portati in superficie da diverse rampe d' uscita, che sboccano in molti punti della città.